Mục đích phối hợp nhằm nâng cao hiệu quả việc tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo, bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của nông dân; góp phần hạn chế những khó khăn, vướng mắc trong quá trình tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo của nông dân. Thông qua công tác phối hợp tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo của nông dân nhằm kịp thời nắm bắt tâm tư, nguyện vọng, ý kiến, kiến nghị, phản ánh của nông dân để thống nhất nội dung, phương thức giải quyết, đồng thời phản ánh kịp thời tới các cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoàn thiện chính sách, pháp luật.

Nguyên tắc phối hợp: Được thực hiện dựa trên chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Chính phủ và chức năng, nhiệm vụ của Trung ương Hội Nông dân Việt Nam; được thực hiện thường xuyên, bảo đảm thiết thực, hiệu quả, phù hợp với yêu cầu thực tế; được thực hiện trên cơ sở bình đẳng, không làm ảnh hưởng đến việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mỗi cơ quan.

Phương thức phối hợp gồm: Cử người phối hợp trao đổi trực tiếp; Tổ chức cuộc họp; Cung cấp thông tin, tài liệu và trao đổi ý kiến; Cử người tham gia tiếp công dân, tham gia đối thoại trong quá trình giải quyết khiếu nại khi có yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và các hình thức phối hợp khác.

Khi xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến trách nhiệm của Hội nông dân và quyền, nghĩa vụ của nông dân thì Thanh tra Chính phủ có văn bản đề nghị Trung ương Hội Nông dân Việt Nam phối hợp thông qua các hình thức sau: Cử người có am hiểu về chuyên môn liên quan đến lĩnh vực của văn bản quy phạm pháp luật được nghiên cứu, xây dựng tham gia Ban soạn thảo, Tổ biên tập; tham gia ý kiến, phản biện vào dự thảo văn bản quy phạm pháp luật. 

Thanh tra Chính phủ phối hợp với Trung ương Hội Nông dân Việt Nam tổ chức việc tuyên truyền, phổ biến pháp luật về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo thông qua các hình thức sau: Tổ chức việc tuyên truyền, phổ biến, tập huấn cho cán bộ, cộng tác viên, tuyên truyền viên pháp luật và hội viên, nông dân các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo; Xuất bản các ấn phẩm tuyên truyền chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo; Tổ chức các cuộc thi tìm hiểu pháp luật về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo; Thông tin, tuyên truyền trên các phương tiện thông tin đại chúng về chính sách, pháp luật về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo. 

Trường hợp công dân đến khiếu nại, tố cáo có nội dung liên quan đến quyền, lợi ích của nông dân tại Trụ sở tiếp công dân Trung ương thì Thanh tra Chính phủ đề nghị Trung ương Hội Nông dân Việt Nam cử đại diện cùng tham gia tiếp công dân.

Đối với những vụ việc khiếu nại, tố cáo đông người, phức tạp, kéo dài liên quan đến quyền, lợi ích của nông dân thì Thanh tra Chính phủ mời Trung ương Hội Nông dân Việt Nam tham gia đối thoại để nắm bắt tâm tư, nguyện vọng của nông dân để có biện pháp giải quyết dứt điểm, bảo đảm quyền và lợi ích chính đáng của nông dân; vận động, hướng dẫn nông dân thực hiện việc khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật, chấp hành nghiêm chỉnh quyết định giải quyết khiếu nại, quyết định xử lý tố cáo đã có hiệu lực pháp luật của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Căn cứ vào yêu cầu thực tế, Thanh tra Chính phủ và Trung ương Hội Nông dân Việt Nam phối hợp tổ chức các lớp đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo cho cán bộ, cộng tác viên, tuyên truyền viên pháp luật của Hội Nông dân các cấp; Thanh tra Chính phủ có trách nhiệm cử người có trình độ chuyên môn, nghiệp vụ tham gia việc đào tạo, bồi dưỡng về lĩnh vực có liên quan.

Thanh tra Chính phủ và Trung ương Hội Nông dân Việt Nam trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của mình có trách nhiệm tổ chức thực hiện nghiêm chỉnh Quy chế phối hợp; đồng thời chỉ đạo, hướng dẫn, đôn đốc Thanh tra và Hội Nông dân tỉnh, thành phố phối hợp ký kết và tổ chức thực hiện chương trình phối hợp tại địa phương. Định kỳ hằng năm Thanh tra Chính phủ phối hợp với Trung ương Hội Nông dân Việt Nam tổ chức đánh giá, rút kinh nghiệm trong việc thực hiện Quy chế.